液壓效率意味著以最小的壓降對通過腔室的所有可能病原體進行最佳和平等的紫外線照射。未實現水均勻混合的問題通常是由于設備配置錯誤導致的整個紫外線反應器的流速未優化，以及紫外線燈配置與水的特性不匹配。例如，紫外線燈交叉布置在入口流上將導致紫外燈兩側和反應器壁附近只能保持非常短的時間。

大型紫外線消毒設備與入口流平行布置的紫外線燈能提供更長的保留時間，從而使流量分布更均勻，從而產生均勻的劑量分布，從而接近理想的性能。通常通過使用導軌的內部擋板來加強均勻混合以進一步增加紫外線劑量。

不同的大型紫外線消毒設備配置提供的總紫外線劑量和性能比會因不同的水紫外線透射率和流速以及不同的紫外線燈強度而波動。對紫外線消毒系統的運行優化可得到更高的成本效益、節省時間和提高安全性。

一個重要的經濟方面是研究如何以節能的方式運行大型紫外線消毒設備，同時保持所需的紫外線劑量水平。紫外線系統應根據進水流量和目標紫外線劑量運行。例如，如果流速未達到峰值，紫外線系統應該能夠調暗燈以節省能源，同時保持目標紫外線劑量。